Die Universität hat zehn Fakultäten

• Theologische Fakultät
• Rechtswissenschaftliche Fakultät
• Wirtschaftswissenschaftliche Fakultät
• Philosophische Fakultät
• Fakultät für Sozial- und Verhaltenswissenschaften
• Fakultät für Mathematik und Informatik
• Physikalisch-Astronomische Fakultät
• Chemisch-Geowissenschaftliche Fakultät
• Biologisch-Pharmazeutische Fakultät
• Medizinische Fakultät

1547 entwickelte der Kurfürst Johann Friedrich von Sachsen , der sich in den Fängen von Kaiser Karl V. befand, den Plan, eine Universität in Jena aufzubauen. Dieser Plan wurde von seinen drei Söhnen ausgeführt. Nachdem Kaiser Ferdinand I. seine Zustimmung gegeben hatte, wurde die Universität am 2.02 1558 gegründet.

Lässt man die Jahre nach 1900 außer Betracht, so zeigte sich ein Höhepunkt der Studentenzahlen in dem 18. Jahrhundert, als der Ruf der Universität unter Karl August, dem Herrscher Goethes (1787-1806), Lehrende wie Johann Gottlieb Fichte, Georg Hegel, Friedrich Schelling, Friedrich von Schlegel und Friedrich Schiller nach Jena zog.

Die Universität, die als Heimstätte für die neuen religiösen Richtungen des 16. Jahrhunderts gegründet worden war, entwickelte sich zu einem Vorreiter des politischen Radikalismus unter den deutschen Universitäten. Stärker als an jeder anderen Universität war in Jena das Gedankentum, welches man häufig unter dem Begriff des studentischen Lebens - nämlich das Duellieren und das Streben nach Freiheit - zusammenfasst, verbreitet. Das Ende des 18. und der Anfang des 19. Jahrhunderts brachten die Gründung neuer Universitäten und die Verdächtigungen verschiedener Regierungen gegenüber den in Jena bekundeten demokratischen Ideen. Jena gilt als Gründungsort der ersten deutschen Burschenschaft.

Neben der neuen Bibliothek gelten die Sternwarte und der botanische Garten als Aushängeschilder der Universität. Jena gilt als führend in den Fächern Biologie, Physik und Psychologie und verfügt über ein gut ausgestattetes Universitätsklinikum.

1934 wurde die Universität zu Ehren Friedrich Schillers nach diesem benannt.

Im 20. Jahrhundert wurde die Universität durch die Kooperation mit den Zeiss-Werken gefördert.

Die Universität Jena entwickelte sich jedoch auch zu einer Massenuniversität. Gab es 1905 noch 1.100 Studenten und 112 Hochschullehrer, so hat sich diese Zahl seither mehr als verfünfzehnfacht.

• Alfred Edmund Brehm, Zoologe
• Cuno Hoffmeister, Astronom
• Hans Kniep (1881-1931) - Biologe (Dissertation Botanik)
• Karl Marx (Dissertation, 1840)
• Manfred Stolpe (ehemaliger Ministerpräsident Brandenburgs und Bundesminister für Verkehr, Bau- und Wohnungswesen; Rechtswissenschaften)
• Ernst Abbe
• Gunther von Hagens, Anatom und Erschaffer der Körperwelten Ausstellung

• Rudolf Eucken, Philosoph und Träger des Nobelpreises für Literatur
• Ernst Haeckel, Zoologe und Philosoph
• Carl Gegenbaur, Anatom
• Friedrich Schiller, Historiker
• August Schleicher, Sprachwissenschaftler
• Erwin Schrödinger, Physiker
• Max Wien , Physiker (Optik)
• Hans Berger, Neurologe und Psychiater (EEG)

• Akademisches Münzkabinett
• Botanischer Garten
• Ernst-Haeckel-Haus
• Handschriften- und Inkunabelnsammlung
• Herbarium Haussknecht
• Inspektorhaus mit Goethe- Gedenkstätte
• Griesbachsches Gartenhaus
• Kustodie
• Medizinhistorische Sammlung
• Mineralogische Sammlung
• Paläobotanische Sammlung
• Pilz- und Referenz-Zentrum
• Phyletisches Museum
• Hilprecht-Sammlung
• Sammlung Antiker Kleinkunst
• Sammlungen des Lehrstuhls für Klassische Archäologie
• Sammlung früher Orient- Photographie
• Orientalisches Münzkabinett
• Schillers Gartenhaus
• Ur- und frühgeschichtliche Sammlung==Literatur==
• Uwe Hossfeld, Jürgen John, Oliver Lehmuth und Rüdiger Stutz (Hrsg.), "Kämpferische Wissenschaft". Studien zur Universität Jena in dem Nationalsozialismus (Köln u.a. 2003), ISBN 3412041025 .

• Die Senatskommission zur "Aufarbeitung der Jenaer Universitätsgeschichte im 20. Jahrhundert" mit Auswahlbibliographie zur Geschichte der Universität Jena (http://www2.uni-jena.de/philosophie/histinst/senatskomm/)